Pentingnya Genomic Surveillance untuk Identifikasi Mutasi Virus SARS-CoV-2 di Indonesia

Pentingnya Genomic Surveillance untuk Identifikasi Mutasi Virus SARS-CoV-2 di Indonesia


Setahun setelah merebaknya virus SARS-CoV-2 yang menyebabkan Covid-19 di seluruh dunia, pada akhir tahun 2020 mulai ditemukan mutasi baru virus SARS-CoV-2 di Inggris. Varian mutasi virus corona yang ditemukan di Inggris ini disebut mutasi B.1.1.7. Varian virus corona B.1.1.7 adalah varian yang kali pertama teridentifikasi di Inggris. B pada nama mutasi virus ini merujuk pada kata British yang berarti asal dari mutasi tersebut, dan 117 adalah kode jenis virus Covid-19 yang ada di Inggris. Mutasi  ini menyebabkan virus corona menjadi lebih cepat menyebar antar manusia dan menimbulkan gejala baru yang lebih fatal dibandingkan virus corona biasa. 

Di Indonesia sendiri, pada awal Maret 2021 telah ditemukan dua kasus varian virus corona asal Inggris pada WNI yang kembali dari Arab Saudi. Hingga saat ini, terdapat enam kasus mutasi virus corona B.1.1.7 yang tersebar di lima provinsi, yaitu Jawa Barat, Sumatera Selatan, Sumatera Utara, Kalimantan Timur, dan Kalimantan Selatan. Meskipun Kemenkes sudah memastikan semua pasien yang terpapar mutasi virus corona B.1.1.7 sudah sembuh, tetapi penemuan kasus terpapar mutasi virus di Indonesia ini harus tetap diwaspadai.

SARS-CoV-2 adalah virus RNA, yang dinilai memiliki kecenderungan untuk bermutasi sangat tinggi. Karena virus tidak memiliki mekanisme proofreading saat melakukan replikasi, maka kesalahan pembacaan untai DNA/RNA pada proses replikasinya sangat rentan terjadi. Mutasi yang terjadi merupakan salah satu cara virus untuk beradaptasi terhadap lingkungan yang baru. Mutasi virus atau munculnya varian virus baru ini akan sangat mempengaruhi karakteristik virus seperti patogenitas, kecepatan transmisi, host range, dll. 

Adanya mutasi yang cepat pada perkembangan virus corona, mengingatkan kita pentingnya riset tentang Genomic Surveillance untuk memantau perkembangan mutasi virus yang terjadi. Genomic Surveillance SARS-CoV-2 merupakan salah satu cara untuk mengidentifikasi SARS-CoV-2 dan memonitor bagaimana terjadinya perubahan genom sepanjang waktu sampai membentuk varian virus baru. Perubahan genom yang terjadi akan membantu peneliti untuk mengerti bagaimana perubahan tersebut berakibat pada karakteristik virus dan menggunakan informasi tersebut untuk memprediksi dampak yang ditimbulkan varian virus baru tersebut terhadap kesehatan.

Untuk mendukung adanya riset Genomic Surveillance pada mutasi virus corona, BioSearch Technologies by LGC telah mengembangkan Probe-based Reverse Transcription PCR (RT-PCR) genotyping dan Whole genome sequencing (WGS) yang mampu mendeteksi adanya variasi virus SARS-CoV-2.

Pada pengujian Probe-based Reverse Transcription PCR (RT-PCR) genotyping menggunakan SARS-CoV-2 Variant ValuPanels™  ini mampu mengonfirmasi adanya varian virus corona yang sudah dikenali. Pengujian berdasarkan RT-PCR-ini mampu mendeteksi apakah sampel virus tersebut mengandung wild type-nya atau varian spesifik yang sebelumnya telah terdeteksi lokasinya di genom SARS-CoV-2. Pengujian ini menggunakan primer yang didesain untuk mengapit daerah dari varian yang telah terdeteksi dalam sequence genom RNA virus corona. Selain itu, pengujian ini juga menggunakan Fluorescently-labelled probe specific untuk wild type/reference SARS-CoV-2 dan differentially-labelled fluorescent probe specific untuk varian yang telah dikenali.

Dilakukannya pengujian Whole genome sequencing (WGS) bertujuan untuk mengidentifikasi varian virus baru dan mendapatkan gambaran penuh untuk sekuens genom virus. WGS mengubah cDNA yang dihasilkan oleh reverse transcription dari genom RNA virus yang terdapat pada sampel untuk dijadikan sequenceable whole genome SARS-CoV-2 library. Dalam kebanyakan kasus, metode ini menghasilkan amplikon RT-PCR yang tumpang tindih yang mencakup seluruh genom virus, yang diubah menjadi NGS library fragment. Kunci dari pendekatan ini adalah menghasilkan library fragment yang tumpang tindih sehingga tidak ada celah  di akhir sekuens genom virus yang dihasilkan.

Riset Genomic Surveillance sangat diperlukan oleh para peneliti untuk pembuatan database histori pada mutasi virus corona di Indonesia. Database ini akan sangat membantu identifikasi virus apabila ditemukan mutasi virus corona lokal di Indonesia. Pengetahuan tentang perubahan mutasi virus corona di Indonesia ini dapat meminimalisir penyebaran varian virus corona baru yang lebih mematikan di Indonesia.